1988年，边第五被关在牢里的时候，遇到一个死囚犯，是他告诉边第五说老妖山的地下埋藏有黄金，所以才有了后面边第五找五虎兄弟来老妖山找黄金的事情。警方还没赶到玉米地中的房屋，就听到了爆炸声，不远处的商全亮(范伟 饰)也听见了。警方赶至，抓到了赵长海，赵长海在昏迷之前说，老刀子(刘冠成 饰)挟持了一个人去老妖山寻黄金，以及他弟弟被绑架一事，老四、边第五和另外一人因爆炸而横尸当场。老五出现，商全亮认出他是昨天搭车的哑巴，并注意到他脚上穿着柳河县医院的鞋，察觉到他不是好人，想过去找警察，但老五一眼就看出他想干什么，立即将他拉进玉米地里打晕了。
王云带着省城医院的病理学专家孙明教授来到柳河县医院，他们告诉商瑾(种丹妮 饰)，初步检测后怀疑是一种从未发现过的致病体导致的人体死亡，目前来看，像是某种鼠疫、狂犬病和朊病毒的结合。孙明教授和商瑾解释了朊病毒，四年前英国爆发的疯牛病病原就是朊病毒。至于死者尸体上出现的奇怪组织，目前还不清楚是什么，但不像是自然界形成的。调查死者生前的行动轨迹，应该能找出一些线索。商瑾虽然没去过老妖山，但是商全亮对老妖山的地形很熟悉。此时的老商醒来，头上被砸了一个血洞，救护车来把他拉去治疗，队长吩咐几个人留下搜捕，其他人立即上山抓捕老刀子。
待警察离开，老五才从玉米地里出来。与此同时，关押赵长海弟弟和妹妹的窝点也被警察端了。大雨终于醒来，贺雪琴(余男 饰)出去给他买他想吃的鸡蛋糕，刚一出门就看到了淑芬。两人去河边谈话，淑芬当初有大雨的时候才十八岁，因为害怕未婚先孕曝光，所以狠心丢弃了大雨。此番前来她不是为了带大雨走，而是想来看看他过得好不好。看到贺雪琴把大雨当成亲人一样对待，淑芬终于放心，给贺雪琴留了一笔钱，算是弥补自己遗弃大雨犯下的错。之后，淑芬就坐上了回平山的车。贺雪琴把鸡蛋糕买了回来，叫大雨却没反应，她以为大雨又睡着了。警方赶到老妖山，上山寻找老刀子踪迹。
商瑾带王云和孙明教授来医院找商全亮，谈了一会儿后，商全亮就准备去老妖山，还没出医院门，就碰到贺雪琴把大雨带来医院治疗。高英勇(罗辑 饰)看到商瑾，朝她打招呼，商瑾却没记起他是哪位。商全亮和商瑾父子开了孙明教授的车上山，尾箱里还有一些防护装备。老二将老刀子带到地下通道的入口处，老刀子就一枪把老二打死，独自一人进入了地下通道。不出一会儿，他就被幻觉吓到，慌忙跑出来。警方根据枪声摸过来，与老刀子火拼。胡廷(潘斌龙 饰)从后偷袭，两人纠缠了很久，胡廷才把老刀子制服。商家父女穿上防护装备，边进山边喊胡廷，声音很快被老三发现，老三躲在他们的身后突袭。
商全亮打不过身强力壮的老三，被他打得不轻，商瑾也受了伤，小兔崽子解开裤腰带要对商瑾行不轨，商全亮发现猎枪，拿起来对他扣动扳机将其打死。本以为转危为安，又来了个老五，商瑾求他不要杀自己的老爹，商全亮不屑于求他。幸好此时猎枪里没子弹了，老五给了他一拳后背着猎枪离开，走出几十米远后踩到地雷炸死了，这就是所谓的恶人有恶报，早早晚晚。胡廷听到枪声，赶了过来，得知半个犯罪团伙差点都让商全亮父女解决完了，不禁夸起商全亮。胡廷联系不上队长他们，担心他们进入地道会感染，商全亮主动说要去找她们，毕竟老妖山的地形他比较熟悉。
后来，县里给商全亮举办表彰大会，看到台下商瑾为自己自豪的样子，商全亮的长篇大论发言突然凝缩成了几句，真实地表达了他此时的感受。经过检测，孙明教授说这个病毒有可能是一种有指向性的基因重组，王云提了一下，会不会是日本人搞的生化实验。经过这些事情，商全亮写了一部科幻小说，第一部叫《立功》，第二部叫《归来》，有些故事，到这里还没有结尾。
全剧终。